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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jqk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of carbon monoxide dehydrogenase from Rhodospirillum rubrum | ||||||
要素 | carbon monoxide dehydrogenase一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity ...anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodospirillum rubrum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Drennan, C.L. / Heo, J. / Sintchak, M.D. / Schreiter, E. / Ludden, P.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Life on carbon monoxide: X-ray structure of Rhodospirillum rubrum Ni-Fe-S carbon monoxide dehydrogenase. 著者: Drennan, C.L. / Heo, J. / Sintchak, M.D. / Schreiter, E. / Ludden, P.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The ligand WCC is a Ni-Fe-S cubane. There is an unidentified ligand, UNX, bound to the Ni ...HETEROGEN The ligand WCC is a Ni-Fe-S cubane. There is an unidentified ligand, UNX, bound to the Ni of the WCC. There is also a FE2 bound to the cubane. The C-cluster, as it is called, has a single iron site (FE2) and a four-metal cubane (Ni-Fe-S). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jqk.cif.gz | 655.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jqk.ent.gz | 540.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jqk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The homodimer is the biological unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66927.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COOS gene / 由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (バクテリア) 参照: UniProt: P31896, 一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体) #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | ChemComp-WCC / #5: 化合物 | ChemComp-UNX / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: capillary crystallization / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M Tris buffer, 0.4 M calcium chloride, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, capillary crystallization, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月30日 / 詳細: condensing mirror |
放射 | モノクロメーター: two crystal non-dispersive monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 90759 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 63.5 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 7792 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 80.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 223988 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: bulk solvent correction, NCS restraints, maximum likelihood target, cartesian molecular dynamics. There are 3 homodimers in the asymmetric unit: chains A&B, C&D, and E&F. Molecules C&D, E&F ...詳細: bulk solvent correction, NCS restraints, maximum likelihood target, cartesian molecular dynamics. There are 3 homodimers in the asymmetric unit: chains A&B, C&D, and E&F. Molecules C&D, E&F have lower B-factors than A&B, and are the molecules that should be considered in structural analyses. No side chain density was seen for residue 348.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 47.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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