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- PDB-1jq1: POTASSIUM CHANNEL (KCSA) OPEN GATE MODEL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jq1
タイトルPOTASSIUM CHANNEL (KCSA) OPEN GATE MODEL
要素VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / POTASSIUM CHANNEL (カリウムチャネル) / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / OPEN STATE
機能・相同性delayed rectifier potassium channel activity / Potassium channel domain / イオンチャネル / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding / pH-gated potassium channel KcsA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lividans (スナパリシン)
手法溶液NMR / FOURIER DECONVOLUTION, CONFORMATIONAL GRID SEARCH A CARTESAIN REPRESENTATION MOLECULAR MECHANIC ENERGY MINIMIZATION
Model type detailsminimized average
データ登録者Liu, Y.-S. / Sompornpisut, P. / Perozo, E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the KcsA channel intracellular gate in the open state.
著者: Liu, Y.S. / Sompornpisut, P. / Perozo, E.
#1: ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Calculation of Rigid Body Conformational Changes Using Restraint-Driven Cartesian Transformations
著者: Sompornpisut, P. / Liu, Y.-S. / Perozo, E.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Structural Rearrangements Underlying K+-Channel Activation Gating
著者: Perozo, E. / Cortes, D.M. / Cuello, L.G.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: The Structure of the Potassium Channel: Molecular Basis of K+ Conduction and Selectivity
著者: Doyle, D.A. / Morais Cabral, J. / Pfuetzner, R.A. / Kuo, A. / Gulbis, J.M. / Cohen, S.L. / Chait, B.T. / Mackinnon, R.
履歴
登録2001年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 99The structure contains only alpha-carbons because the experimental data used to calculate the ...The structure contains only alpha-carbons because the experimental data used to calculate the structures are good enough only to the backbone level.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
B: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
C: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
D: VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4454
ポリマ－14,4454
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL / / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3611.283 Da / 分子数: 4 / 断片: INNER TRANSMEMBRANE SEGMENT (residues 86-119) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (スナパリシン)
プラスミド: PQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-2 BLUE / 参照: UniProt: P0A334

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: CONTINUOUS WAVE EPR

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試料調製

詳細内容: 1.0 MG/ML MIXED WITH METHANETHIOSULFONATE SPIN LABEL
溶媒系: THE SAMPLES WERE RECONSTITUTED INTO ASOLECTIN LIPOSOMES AT A 1:400 PROTEIN:LIPID RATIO
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM CITRATE PHOSPHATE 7.0 1 atm150.0 K
220 mM CITRATE PHOSPHATE 4.0 1 atm150.0 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker EMX / 製造業者: Bruker / モデル: EMX / 磁場強度: 3400 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber6D.A.CASE ET.AL.精密化
EPR AQUISIT2.32BRUKER解析
REDCATP.SOMPORNPISUT ET.AL.構造決定
精密化手法: FOURIER DECONVOLUTION, CONFORMATIONAL GRID SEARCH A CARTESAIN REPRESENTATION MOLECULAR MECHANIC ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE ARE BASED ON: 1) TEN PAIRS OF INTER-SUBUNIT DISTANCES FOR THE KCSA INNER HELICAL BUNDLE IN THE CLOSED AND THE OPEN STATES AND 2) THE USE OF THE CRYSTAL STRUCTURE AS THE CHANNEL ...詳細: THE STRUCTURE ARE BASED ON: 1) TEN PAIRS OF INTER-SUBUNIT DISTANCES FOR THE KCSA INNER HELICAL BUNDLE IN THE CLOSED AND THE OPEN STATES AND 2) THE USE OF THE CRYSTAL STRUCTURE AS THE CHANNEL IN THE CLOSED STATE, AND AS THE REFERENCE STRUCTURE. THE COMPUTER PROGRAM REDCAT SEARCHES (RESTRAINT-DRIVEN CARTESIAN TRANSFORMATION) BASED ON THE EXHAUSTIVE SAMPLING OF RIGID-BODY MOVEMENT IN CARTESIAN SPACE FOR THE TM2 INNER BUNDLE IN THE OPEN STATE WERE ALLOWED TO CONVERGE TO A MINIMAL PENALTY VALUE. THE ENSEMBLE OF THE 50 LOWEST PENALTY CONFORMERS WAS SUBJECTED TO MOLECULAR MECHANIC ENERGY MINIMIZATION. FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED ON THE AVERAGE OPEN HELICAL BUNDLE BY ENERGY MINIMIZATION.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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