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万見
- PDB-1jm6: Pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2, containing ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jm6
タイトルPyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2, containing ADP
要素Pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Mitochondion / Serine Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Retinoic Acid / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体 / : / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient ...Signaling by Retinoic Acid / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体 / : / regulation of cellular ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / peptidyl-serine phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Steussy, C.N. / Popov, K.M. / Bowker-Kinley, M.M. / Sloan, R.B. / Harris, R.A. / Hamilton, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of pyruvate dehydrogenase kinase. Novel folding pattern for a serine protein kinase.
著者: Steussy, C.N. / Popov, K.M. / Bowker-Kinley, M.M. / Sloan Jr., R.B. / Harris, R.A. / Hamilton, J.A.
履歴
登録2001年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2
B: Pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2146
ポリマ－92,3112
非ポリマー9034
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area29660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.421, 109.874, 71.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological dimer is recreated using a crystallographically equivalent position of the B subunit. This can be achieved by applying the following translation vector to the B coordinates; 17.90 -109.87 -69.13

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2 / / E.C.2.7.1.99 / [PYRUVATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE ISOZYME 2 / MITOCHONDRIAL / PDK P45


分子量: 46155.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: Pet28a (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q64536, EC: 2.7.1.99
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 6k, Imidazole, ADP, Magnesium Chloride, Iodo-propionic Acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 7 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMimidazole1reservoiror 100mM MES
3500 mM1reservoirKCl
43.5 mM3-iodopropionic acid1reservoir
53.5 mMADP1reservoir
67 mM1reservoirMgCl2
76.5 %PEG60001reservoir
81.0 %ethylene glycol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンNSLS X12C20.9803, 0.9802, 0.9300
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS II1IMAGE PLATE1999年4月1日
CUSTOM-MADE2CCD1998年3月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.98031
30.98021
40.931
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 36213 / Num. obs: 35685 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 23.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 76.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.287

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 2.5→6 Å / Num. parameters: 22712 / Num. restraintsaints: 29468 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2619 1508 5.2 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.1905 28853 --
obs0.208 28853 84.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5677
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5393 0 56 228 5677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.316
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.104
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.139
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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