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万見
- PDB-1jih: Yeast DNA Polymerase ETA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jih
タイトルYeast DNA Polymerase ETA
要素DNA Polymerase ETA
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / DNA Polymerase (DNAポリメラーゼ) / translesion (DNA修復) / yeast (酵母)
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA複製 / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA複製 ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA複製 / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Trincao, J. / Johnson, R.E. / Escalante, C.R. / Prakash, S. / Prakash, L. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001
タイトル: Structure of the catalytic core of S. cerevisiae DNA polymerase eta: implications for translesion DNA synthesis
著者: Trincao, J. / Johnson, R.E. / Escalante, C.R. / Prakash, S. / Prakash, L. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2001年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA Polymerase ETA
B: DNA Polymerase ETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3082
ポリマ－116,3082
非ポリマー00
水9,296516
1
A: DNA Polymerase ETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1541
ポリマ－58,1541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA Polymerase ETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1541
ポリマ－58,1541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.100, 105.100, 292.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DNA Polymerase ETA /


分子量: 58153.750 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain (residues 1-531) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD30 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04049
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 20K, Ammonium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 %PEG2000011
2600 mMammonium acetate11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11631
21631
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 31-ID10.97958,0.97941,0.96482
シンクロトロンNSLS X4A20.96675
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2001年1月15日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年12月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1UndulatorMADMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979581
20.979411
30.964821
40.966751
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 72278 / Num. obs: 68697 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.25→50 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 17.8 / Num. unique all: 1335912 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 70064 / Num. measured all: 1335912
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→50 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 6979 -random
Rwork0.215 ---
all0.219 78627 --
obs0.214 68697 87.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.118 Å20 Å20 Å2
2---1.118 Å20 Å2
3---2.235 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7894 0 0 516 8410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.265
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2652
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2042.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 36.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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