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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jhs | ||||||
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タイトル | Protein Mog1 E65A mutant | ||||||
要素 | MOG1 PROTEIN | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / NUCLEAR-PROTEIN IMPORT / GSP1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Baker, R.P. / Harreman, M.T. / Ecclestone, J.F. / Corbett, A.H. / Stewart, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Interaction between Ran and Mog1 is required for efficient nuclear protein import 著者: Baker, R.P. / Harreman, M.T. / Ecclestone, J.F. / Corbett, A.H. / Stewart, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jhs.cif.gz | 52.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jhs.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21015.564 Da / 分子数: 1 / 変異: E65A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: Mog1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pET / 参照: UniProt: P47123 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Baker, R.P., (2000) Acta Crystallogr., D56, 229. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→31.2 Å / Num. all: 18211 / Num. obs: 18191 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 62794 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Mog1 native 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati sigma a obs: 0.06 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 31.2 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |