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- PDB-1jfz: Crystal Structure of MN(II)-Complex of RNAse III Endonuclease Dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfz
タイトルCrystal Structure of MN(II)-Complex of RNAse III Endonuclease Domain from Aquifex Aeolicus at 2.10 Angstrom Resolution
要素RIBONUCLEASE III
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / RNASE III / DOUBLE-STRANDED RNA (リボ核酸) / RNA INTERFERENCE (RNA干渉) / ENDONUCLEASE DOMAIN (エンドヌクレアーゼ) / ENDONUCLEOLYTIC CLEAVAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / RISC complex / tRNA processing / 転写後修飾 / 転写後修飾 / rRNA processing ...ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / RISC complex / tRNA processing / 転写後修飾 / 転写後修飾 / rRNA processing / double-stranded RNA binding / 遺伝子発現の調節 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Ji, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystallographic and modeling studies of RNase III suggest a mechanism for double-stranded RNA cleavage.
著者: Blaszczyk, J. / Tropea, J.E. / Bubunenko, M. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
履歴
登録2001年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE III
B: RIBONUCLEASE III
C: RIBONUCLEASE III
D: RIBONUCLEASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8728
ポリマ－72,6524
非ポリマー2204
水12,827712
1
A: RIBONUCLEASE III
B: RIBONUCLEASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4364
ポリマ－36,3262
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
2
C: RIBONUCLEASE III
D: RIBONUCLEASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4364
ポリマ－36,3262
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.741, 140.549, 49.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer. The asymmetric unit is composed from two independent dimers: first dimer is composed from identical chains A and B, and second dimer from identical chains C and D

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要素

#1: タンパク質
RIBONUCLEASE III / / RNASE III


分子量: 18163.012 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL ENDONUCLEASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: PKM803 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67082, ribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, TRIS-HCL, ACETATE, CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 18-20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
113 mg/mlprotein1drop
20.6 M1dropNaCl
325 mMTris-HCl1droppH7.5
430 %(w/v)PEG40001reservoir
50.2 Msodium acetate1reservoir
60.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.045
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月21日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 33591 / Num. obs: 33591 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.165 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.3132
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.023 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 2.985 / Num. unique all: 2721 / % possible all: 74.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 72740
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1I4S

1i4s


解像度: 2.1→30 Å / Num. parameters: 21898 / Num. restraintsaints: 20454 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: LEAST-SQUARES REFINEMENT USING THE KONNERT-HENDRICKSON CONJUGATE-GRADIENT ALGORITHM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2863 1719 5.464 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
all0.2079 31462 --
obs0.1891 26653 89.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1975) 201-228
原子変位パラメータBiso mean: 31.865 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.228 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Num. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5640
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4948 0 4 712 5664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.1-2.210.255X-RAY DIFFRACTION3256
2.21-2.330.231X-RAY DIFFRACTION3100
2.33-2.460.219X-RAY DIFFRACTION3290
2.46-2.620.198X-RAY DIFFRACTION3128
2.62-2.810.185X-RAY DIFFRACTION3001
2.81-3.070.173X-RAY DIFFRACTION3096
3.07-3.470.168X-RAY DIFFRACTION3212
3.47-4.20.166X-RAY DIFFRACTION3124
4.2-6.850.179X-RAY DIFFRACTION3122
6.85-300.293X-RAY DIFFRACTION918
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 4 / Rfactor all: 0.209 / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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