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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jfi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the NC2-TBP-DNA Ternary Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / Histone (ヒストン) / H2A/H2B / TBP / TATA-DNA / transcription initiation (転写 (生物学)) / NC2 / Negative Cofactor / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative cofactor 2 complex / : / : / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / Signaling by Activin / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter ...negative cofactor 2 complex / : / : / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / Signaling by Activin / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / Signaling by NODAL / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / ユークロマチン / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / HATs acetylate histones / 精子形成 / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Kamada, K. / Shu, F. / Chen, H. / Malik, S. / Stelzer, G. / Roeder, R.G. / Meisterernst, M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of negative cofactor 2 recognizing the TBP-DNA transcription complex. 著者: Kamada, K. / Shu, F. / Chen, H. / Malik, S. / Stelzer, G. / Roeder, R.G. / Meisterernst, M. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jfi.cif.gz | 111.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jfi.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jfi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jfi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cdwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 DE
#1: DNA鎖 | 分子量: 5844.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: 19 BASE-PAIR TATA-CONTAINING OLIGONUCLEOTIDE TOP STRAND |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5804.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: 19 BASE-PAIR TATA-CONTAINING OLIGONUCLEOTIDE BOTTOM STRAND |
-Transcription Regulator NC2 ... , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 10813.676 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-77 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NC2 alpha (DRAP1) Plasmid details: His tag eliminated. coexpressed with NC2 beta プラスミド: pET11d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14919 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 19755.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NC2 beta (Dr1) / Plasmid details: coexpressed with NC2 alpha / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01658 |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 10分子 C
#5: タンパク質 | 分子量: 20856.729 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 359-539 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: tbp / Plasmid details: codon usage is optimized for this gene / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20226 |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, sodium citrate, potassium chloride, magnesium chloride, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.984 |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月2日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→20 Å / Num. all: 21406 / Num. obs: 21406 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 78.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.71 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Num. unique all: 1952 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 562756 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CDW 解像度: 2.62→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 29.7687 Å2 / ksol: 0.302265 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.53 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.353 / % reflection Rfree: 6.7 % / Rfactor Rwork: 0.36 |