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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jc1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A REDOX-SENSITIVE GREEN FLUORESCENT PROTEIN VARIANT IN A OXIDIZED FORM | ||||||
要素 | GREEN FLUORESCENT PROTEIN緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / Beta Barrel (Βバレル) / Chromophore (発色団) / Disulfide Bond (ジスルフィド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hanson, G.T. / Aggeler, R. / Oglesbee, D. / Cannon, M. / Capaldi, R.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Investigating mitochondrial redox potential with redox-sensitive green fluorescent protein indicators. 著者: Hanson, G.T. / Aggeler, R. / Oglesbee, D. / Cannon, M. / Capaldi, R.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jc1.cif.gz | 148.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jc1.ent.gz | 115.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jc1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jc1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26886.379 Da / 分子数: 3 / 変異: C48S,F64L,S65T,Q80R,S147C,Q204C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pRSETb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P42212 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, Lithium Sulfate, Tris, Copper (II) Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月25日 詳細: 58 cm long, Pt-coated fused silica, vertical focus mirror |
放射 | モノクロメーター: Cylindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut horizontal focus プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29.7 Å / Num. all: 203865 / Num. obs: 56854 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4181 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 203865 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.247 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EMA 解像度: 1.9→30 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 54921 / Num. reflection Rfree: 5471 / Rfactor Rfree: 0.226 / Rfactor Rwork: 0.317 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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