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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j2f | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of IRF-3 and its functional implications | ||||||
要素 | Interferon regulatory factor 3IRF3 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / 転写 (生物学) / toll-like receptor 4 signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / DNA-binding transcription activator activity / immune system process / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Evasion by RSV of host interferon responses / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / promoter-specific chromatin binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / 自然免疫系 / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Takahasi, K. / Noda, N. / Horiuchi, M. / Mori, M. / Okabe, Y. / Fukuhara, Y. / Terasawa, H. / Fujita, T. / Inagaki, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: X-ray crystal structure of IRF-3 and its functional implications. 著者: Takahasi, K. / Suzuki, N.N. / Horiuchi, M. / Mori, M. / Suhara, W. / Okabe, Y. / Fukuhara, Y. / Terasawa, H. / Akira, S. / Fujita, T. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1j2f.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1j2f.ent.gz | 78.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1j2f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/1j2f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28379.062 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 170-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pPRO EX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: magnesium formate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD PX210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.999→62.017 Å / Num. all: 42825 / Num. obs: 40856 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.999→2.11 Å / % possible all: 95.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 24036 / % possible obs: 94.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→62.017 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.017 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor Rfree: 0.242 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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