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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iz0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structures of the Quinone Oxidoreductase from Thermus thermophilus HB8 and Its Complex with NADPH | ||||||
要素 | QUINONE OXIDOREDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / APO-ENZYME / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Shimomura, Y. / Kakuta, Y. / Fukuyama, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structures of the Quinone Oxidoreductase from Thermus thermophilus HB8 and Its Complex with NADPH: Implication for NADPH and Substrate Recognition 著者: Shimomura, Y. / Kakuta, Y. / Fukuyama, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Overproduction, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a quinone oxidoreductase from Thermus thermophilus HB8 著者: Shimomura, Y. / Sumiguchi-Agari, K. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / Fukuyama, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iz0.cif.gz | 68.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iz0.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iz0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/1iz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/1iz0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32361.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q8L3C8, NADPH:キノンレダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: glycerol, Tris, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Shimomura, Y., (2002) Acta Crystallogr.,Sect.D, 58, 1365. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.9000 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月21日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 383738 / Num. obs: 383738 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / % possible all: 76.6 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 20471 / Num. measured all: 383738 / Rmerge(I) obs: 0.073 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 0.148 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 429027.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.1804 Å2 / ksol: 0.359346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.33 Å / Luzzati sigma a free: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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