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- PDB-1iw9: Crystal Structure of the M Intermediate of Bacteriorhodopsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iw9
タイトルCrystal Structure of the M Intermediate of Bacteriorhodopsin
要素bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / 7 Transmembrane Helices / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / Chem-L3P / レチナール / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Takeda, K. / Matsui, Y. / Kamiya, N. / Adachi, S. / Okumura, H. / Kouyama, T. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the M intermediate of bacteriorhodopsin: allosteric structural changes mediated by sliding movement of a transmembrane helix
著者: Takeda, K. / Matsui, Y. / Kamiya, N. / Adachi, S. / Okumura, H. / Kouyama, T.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the L Intermediate of Bacteriorhodopsin: Evidence for Vertical Translocation of a Water Molecule during the Proton Pumping Cycle
著者: Kouyama, T. / Nishikawa, T. / Tokuhisa, T. / Okumura, H.
履歴
登録2002年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7978
ポリマ－26,8141
非ポリマー4,9837
水45025
1
A: bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,39124
ポリマ－80,4433
非ポリマー14,94821
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area28460 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.3, 102.3, 112.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number177
Space group name H-MP622
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations:1-y, x-y, z and 1-x+y, 1-x, z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 bacteriorhodopsin / バクテリオロドプシン


分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: jw3 / 参照: UniProt: P02945
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-6DManpa1-2DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 31分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#5: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: ammonium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlpurple membrane sheets1drop
22.5 mg/mloctylthioglucoside1drop
31.0 Mammonium sulfate1drop
40.16 M1dropNaCl
512 %(w/v)trehalose1drop
60.04 %(w/v)1dropNaN3
70.08 Msodium citrate1droppH5.2
81.9-2.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.708 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 12434 / Num. obs: 11480 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.304 / % possible all: 55.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 10066 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1dze

1dze


解像度: 2.5→15.3 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: troughout / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1085 -random
Rwork0.224 ---
obs0.224 10491 84 %-
all-12488 --
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-3.256 Å20 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---2.761 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1750 0 298 25 2073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.194
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.103
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.5-2.590.342410.288X-RAY DIFFRACTION3596
2.69-2.810.3371000.273X-RAY DIFFRACTION9516
2.96-3.150.2931240.227X-RAY DIFFRACTION11926
3.39-3.720.291220.21X-RAY DIFFRACTION12236
4.25-5.320.2251290.212X-RAY DIFFRACTION12676
5.32-15.30.2731440.245X-RAY DIFFRACTION13286
精密化
*PLUS
最低解像度: 28 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.231
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.103
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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