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万見
- PDB-1it0: Crystal structure of xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1it0
タイトルCrystal structure of xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86 complexed with lactose
要素endo-1,4-beta-D-xylanaseキシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-BETA BARREL / PROTEIN-SUGAR COMPLEX / CARBOHYDRATE BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / キシラナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the sugar complexes of Streptomyces olivaceoviridis E-86 xylanase: sugar binding structure of the family 13 carbohydrate binding module.
著者: Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Streptomyces olivaceoviridis E-86 beta-xylanase containing xylan-binding domain
著者: Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Kaneko, S. / Yoshida, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I. / Mizuno, H.
#2: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 1997
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of Streptomyces olivaceoviridis E-86 beta-xylanase
著者: Fujimoto, Z. / Mizuno, H. / Kuno, A. / Yoshida, S. / Kobayashi, H. / Kusakabe, I.
履歴
登録2001年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endo-1,4-beta-D-xylanase
B: endo-1,4-beta-D-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9526
ポリマ－93,5822
非ポリマー1,3694
水7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: endo-1,4-beta-D-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4763
ポリマ－46,7911
非ポリマー6852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: endo-1,4-beta-D-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4763
ポリマ－46,7911
非ポリマー6852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.540, 95.250, 141.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 endo-1,4-beta-D-xylanase / キシラナーゼ


分子量: 46791.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
株: E-86 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SI98, キシラナーゼ
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: ammonium sulfate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
225 %(v/v)ammonium sulfate1reservoiror 27.5%(v/v)
30.1 Mcitric acid1reservoir
40.2 Msodium phosphate1reservoirpH5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→69.37 Å / Num. all: 215954 / Num. obs: 73487 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.88 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.72 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 7278 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 215954

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XYF

1xyf


解像度: 2→29.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 7311 10.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 72309 98.3 %-
all-72309 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6096 Å2 / ksol: 0.359834 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.77 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6468 0 48 428 6944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 1181 10 %
Rwork0.294 10679 -
obs--98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBO_REP.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.264 / Num. reflection Rwork: 7126 / Rfactor obs: 0.264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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