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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1irv | ||||||
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タイトル | CYTOCHROME C ISOZYME 1, REDUCED, MUTANT WITH ILE 75 REPLACED BY MET AND CYS 102 REPLACED BY THR | ||||||
要素 | CYTOCHROME Cシトクロムc | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HEME PROTEIN / MITOCHONDRION (ミトコンドリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Berghuis, A.M. / Brayer, G.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Mechanistic and structural contributions of critical surface and internal residues to cytochrome c electron transfer reactivity. 著者: Rafferty, S.P. / Guillemette, J.G. / Berghuis, A.M. / Smith, M. / Brayer, G.D. / Mauk, A.G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: The Role of a Conserved Internal Water Molecule and its Associated Hydrogen Bond Network in Cytochrome C 著者: Berghuis, A.M. / Guillemette, J.G. / Mclendon, G. / Sherman, F. / Smith, M. / Brayer, G.D. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Mutation of Tyrosine-67 to Phenylalanine in Cytochrome C Significantly Alters the Local Heme Environment 著者: Berghuis, A.M. / Guillemette, J.G. / Smith, M. / Brayer, G.D. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Oxidation State-Dependent Conformational Changes in Cytochrome C 著者: Berghuis, A.M. / Brayer, G.D. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Refinement of Yeast Iso-1-Cytochrome C and Comparisons with Other Eukaryotic Cytochromes C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystallization of Yeast Iso-2-Cytochrome C Using a Novel Hair Seeding Technique 著者: Leung, C.J. / Nall, B.T. / Brayer, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1irv.cif.gz | 33.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1irv.ent.gz | 25 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1irv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/1irv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/1irv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12131.914 Da / 分子数: 1 / 変異: I75M, C102T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOZYME 1, REDUCED 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P00044 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.3 / 手法: unknown / 詳細: macroseeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→6 Å / Num. obs: 8110 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2 詳細: PROLSQ STANDARD SET OF IDEAL BOND LENGTHS ETC. (I.E. VERY SIMILAR TO ENGH & HUBER) ESTIMATED COORD. ERROR 0.25 ANGSTROMS FINAL RMS COORD. SHIFT 0.35 ANGSTROMS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |