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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ig8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Yeast Hexokinase PII with the correct amino acid sequence | ||||||
要素 | hexokinase PII | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / mixed alpha beta / two domains / cleft | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of transcription by glucose / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / regulation of transcription by glucose / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / fructose metabolic process / regulation of cell size / glucose import / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / glycolytic process / glucose metabolic process / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kuser, P.R. / Krauchenco, S. / Antunes, O.A. / Polikarpov, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: The high resolution crystal structure of yeast hexokinase PII with the correct primary sequence provides new insights into its mechanism of action. 著者: Kuser, P.R. / Krauchenco, S. / Antunes, O.A. / Polikarpov, I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystal Analysis of Yeast Hexokinase PI and PII 著者: Kuser, P.R. / Golubev, A.M. / Polikarpov, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ig8.cif.gz | 113.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ig8.ent.gz | 87.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ig8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1ig8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1ig8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54001.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04807, ヘキソキナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.3-3.2M Ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→13 Å / Num. obs: 60395 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.12 % / Biso Wilson estimate: 23.13 Å2 / Rsym value: 0.113 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 1.82 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 1914 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.113 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: P152K mutant of yeast hexokinase 解像度: 2.2→13 Å / SU B: 6.1415 / SU ML: 0.15315 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24781 / ESU R Free: 0.22644 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→13 Å
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拘束条件 |
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