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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1idq | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE VANADIUM-CONTAINING CHLOROPEROXIDASE FROM CURVULARIA INAEQUALIS | ||||||
要素 | VANADIUM CHLOROPEROXIDASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Two four-helix bundles | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride peroxidase / chloride peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Curvularia inaequalis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Messerschmidt, A. / Prade, L. / Wever, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Implications for the catalytic mechanism of the vanadium-containing enzyme chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis by X-ray structures of the native and peroxide form. 著者: Messerschmidt, A. / Prade, L. / Wever, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1idq.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1idq.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1idq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1idq_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1idq_full_validation.pdf.gz | 435.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1idq_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1idq_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1idq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1idq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The molecule occurs as monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67627.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Curvularia inaequalis (菌類) 株: STRAIN 102.42 FROM CENTRAAL BUREAU VOR SCHIMMELCULTURES (CBS, BAARN, THE NETHERLANDS) 参照: UniProt: P49053, chloride peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-VO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Reservoir: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl; Protein drop: 7.5 microliter protein (8.7 mg/ml) in 5 mM Mops and 1 mM Na3VO4 plus 2.5 microliter reservoir solution, pH 8.0, VAPOR ...詳細: Reservoir: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl; Protein drop: 7.5 microliter protein (8.7 mg/ml) in 5 mM Mops and 1 mM Na3VO4 plus 2.5 microliter reservoir solution, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: HENDRIX-LENTFER / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.031→15.656 Å / Num. all: 46965 / Num. obs: 45791 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 29.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 3649 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 80.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 128746 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1VNC 解像度: 2.03→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.85 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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