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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ide | ||||||
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タイトル | ISOCITRATE DEHYDROGENASE Y160F MUTANT STEADY-STATE INTERMEDIATE COMPLEX (LAUE DETERMINATION) | ||||||
要素 | ISOCITRATE DEHYDROGENASEイソクエン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / グリオキシル酸回路 / guanosine tetraphosphate binding / クエン酸回路 / 電子伝達系 / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Bolduc, J.M. / Dyer, D.H. / Scott, W.G. / Singer, P. / Sweet, R.M. / Koshland Junior, D.E. / Stoddard, B.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Mutagenesis and Laue structures of enzyme intermediates: isocitrate dehydrogenase. 著者: Bolduc, J.M. / Dyer, D.H. / Scott, W.G. / Singer, P. / Sweet, R.M. / Koshland Jr., D.E. / Stoddard, B.L. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Catalytic Mechanism of Nadp+-Dependent Isocitrate Dehydrogenase: Implications from the Structures of Magnesium-Isocitrate and Nadp+ Complexes 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Regulation of Isocitrate Dehydrogenase by Phosphorylation Involves No Long-Range Conformational Change in the Free Enzyme 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Thorsness, P.E. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #3: ジャーナル: Science / 年: 1990 タイトル: Regulation of an Enzyme by Phosphorylation at the Active Site 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Sohl, J.L. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989 タイトル: Structure of a Bacterial Enzyme Regulated by Phosphorylation, Isocitrate Dehydrogenase 著者: Hurley, J.H. / Thorsness, P.E. / Ramalingam, V. / Helmers, N.H. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ide.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ide.ent.gz | 84.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ide.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1ide ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1ide | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 262 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45793.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y160F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TERNARY RATE-LIMITED MICHAELIS COMPLEX / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JLK1 / 遺伝子: ICD / Variant: ICD(-) (DEFICIENT IN WT IDH GENE) / プラスミド: PTK513 / 遺伝子 (発現宿主): ICD 発現宿主: PEMBL (DENTE ET AL 1983 NUC ACIDS RES 11,1645) 参照: UniProt: P08200, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ICT / |
#4: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE NICOTINAMIDE RING IN THIS Y160F DYNAMIC LAUE STRUCTURE SHOWS VERY CLEAR SIGNS OF OCCUPYING AT ...THE NICOTINAMI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.7 - 2.1 | |||||||||
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月15日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron | |||||||||
放射波長 |
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反射 | Num. obs: 17043 / % possible obs: 61 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 | |||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 100 Å / Rmerge(I) obs: 0.084 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 2 詳細: DATA COLLECTED FROM FOUR SEPARATE CRYSTALS AT X26-C (POLYCHROMATIC LAUE BEAM LINE AT BROOKHAVEN NATIONAL LABORATORY) AND MERGED TOGETHER WITH LAUENORM IN OXFORD LAUE DATA REDUCTION PACKAGE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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