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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i5o | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT R105A OF E. COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Mutant aspartate transcarbamoylase / T-state / PALA at the regulatory site | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / アスパラギン酸カルバモイルトランスフェラーゼ / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / アスパラギン酸カルバモイルトランスフェラーゼ / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Macol, C.P. / Tsuruta, H. / Stec, B. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Direct structural evidence for a concerted allosteric transition in Escherichia coli aspartate transcarbamoylase. 著者: Macol, C.P. / Tsuruta, H. / Stec, B. / Kantrowitz, E.R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Structural Consequences of Effector Binding to the T State of Aspartate Carbamoyltransferase: Crystal Structures of the Unligated and ATP- and CTP-complexed Enzymes at 2.6-A Resolution. 著者: Stevens, R.C. / Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i5o.cif.gz | 195.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i5o.ent.gz | 154.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i5o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5at1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Deposited data for two catalytic and two regulatory chains Biological assembly: dodecamer can be obtained by application of the threefold crystallographic symmetry |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34250.992 Da / 分子数: 2 / 変異: R105A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRB, PYRI / プラスミド: PEK76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1104 参照: UniProt: P0A786, アスパラギン酸カルバモイルトランスフェラーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRB, PYRI / プラスミド: PEK76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1104 / 参照: UniProt: P0A7F3 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PAL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.7 詳細: Tris buffer, maleic acid, pH 5.7, MICRODIALYSIS, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.75 / 詳細: Jin, L., (2000) Biochemistry, 39, 8058. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→30 Å / Num. all: 29390 / Num. obs: 29390 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.08 % / Biso Wilson estimate: 26.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 5.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.78→2.99 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 4622 / % possible all: 75 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 90537 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5at1 解像度: 2.8→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.157 / Rfactor obs: 0.155 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å |