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- PDB-1i4w: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRANSCRIPTION FACTOR SC-MTTFB OFFERS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i4w
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRANSCRIPTION FACTOR SC-MTTFB OFFERS INTRIGUING INSIGHTS INTO MITOCHONDRIAL TRANSCRIPTION
要素MITOCHONDRIAL REPLICATION PROTEIN MTF1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / MITOCHONDRIAL TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION INITIATION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / mitochondrial transcription / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ミトコンドリア / ミトコンドリアマトリックス ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / mitochondrial transcription / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ミトコンドリア / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial transcription factor Mtf1 / rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド ...Mitochondrial transcription factor Mtf1 / rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
キセノン / Mitochondrial transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schubot, F.D. / Chen, C.-J. / Rose, J.P. / Dailey, T.A. / Dailey, H.A. / Wang, B.-C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the transcription factor sc-mtTFB offers insights into mitochondrial transcription.
著者: Schubot, F.D. / Chen, C.J. / Rose, J.P. / Dailey, T.A. / Dailey, H.A. / Wang, B.C.
履歴
登録2001年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL REPLICATION PROTEIN MTF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4884
ポリマ－41,0941
非ポリマー3943
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.418, 44.684, 99.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MITOCHONDRIAL REPLICATION PROTEIN MTF1 / MITOCHONDRIAL TRANSCRIPTION FACTOR MTTFB


分子量: 41094.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MTF1 / プラスミド: PTRCHISC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P14908
#2: 化合物 ChemComp-XE / XENON / キセノン / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, calcium acetate, cacodylate, xylitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 詳細: Schubot, G.S., (2000) Acta Crystallogr., D56, 902.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2300 mM1reservoirNaCl
310 %glycerol1reservoir
450 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 12000 / Num. obs: 10896 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 852 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 63.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 202625 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
反復単一同系置換位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 382174.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 558 5.2 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.1914 12000 --
obs0.187 10896 90.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.07 Å2 / ksol: 0.3669 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å2-2.75 Å2
2--12.56 Å20 Å2
3----13.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 3 21 2673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.192.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 70 5.3 %
Rwork0.255 1245 -
obs--68.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 43.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.325 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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