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万見
- PDB-1i2a: CRYSTAL STRUCTURE OF L1 RIBOSOMAL PROTEIN FROM METHANOCOCCUS JANN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF L1 RIBOSOMAL PROTEIN FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH 1.85A RESOLUTION.
要素50S RIBOSOMAL PROTEIN L1Pリボソーム
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / RIBOSOMAL PROTEIN / PRIMARY RRNA-BINDING PROTEIN / TRANSLATIONAL REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1, archaea / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein ...Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1, archaea / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
バレルアルデヒド / Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Smolinskaya, Y. / Nikonov, S.V.
引用
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Archaeal ribosomal protein L1: the structure provides new insights into RNA binding of the L1 protein family.
著者: Nevskaya, N. / Tischenko, S. / Fedorov, R. / Al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Kraft, A. / Piendl, W. / Garber, M. / Nikonov, S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Structure of ribosomal protein L1 from Methanococcus thermolithotrophicus. Functionally important structural invariants on the L1 surface.
著者: Nevskaya, N. / Tishchenko, S. / Paveliev, M. / Smolinskaya, Y. / Fedorov, R. / Piendl, W. / Nakamura, Y. / Toyoda, T. / Garber, M. / Nikonov, S.
履歴
登録2001年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月31日Group: Atomic model
改定 1.42014年3月12日Group: Database references
改定 1.52018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9292
ポリマ－24,8421
非ポリマー861
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.577, 38.881, 54.936
Angle α, β, γ (deg.)83.32, 80.14, 74.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1P / リボソーム


分子量: 24842.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: RPLA / プラスミド: PET11A-MJAL1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54050
#2: 化合物 ChemComp-PTL / PENTANAL / ペンタナ-ル / バレルアルデヒド


分子量: 86.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 301.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 10000, HEPES-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.825→20 Å / Num. all: 188639 / Num. obs: 23155 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.52 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.825→2 Å / 冗長度: 3.41 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CJS

1cjs


解像度: 1.85→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 673607.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1078 4.8 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.222 23405 --
obs0.222 22327 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.13 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å21.85 Å2-0.83 Å2
2--2.27 Å20.48 Å2
3----3.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1682 0 6 185 1873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.512.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 166 4.5 %
Rwork0.298 3541 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMALD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ALD_OLD.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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