PDB-1hwq: SOLUTION STRUCTURE OF THE VS RIBOZYME SUBSTRATE STEM-LOOP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hwq

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE VS RIBOZYME SUBSTRATE STEM-LOOP

要素

VS RIBOZYME SUBSTRATE RNA

キーワード

RNA (リボ核酸) /

VS RIBOZYME /

STEM-LOOP (ステムループ) / TANDEM GA / PROTONATED ADENINE / A+C BASE PAIR

機能・相同性

リボ核酸 / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Flinders, J.C. / Dieckmann, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: A pH controlled conformational switch in the cleavage site of the VS ribozyme substrate RNA.
著者: Flinders, J. / Dieckmann, T.

履歴

登録	2001年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hwq.cif.gz	368.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hwq.ent.gz	312.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/1hwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/1hwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	390d-d 6inr-2 2rou-d 5v2r-d 1em0-d 1p96-d 2ic6-1 5nir-2 1tqr-d 1kdd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
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#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
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#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: VS RIBOZYME SUBSTRATE RNA

9.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	VS RIBOZYME SUBSTRATE RNA 分子量: 9705.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: RNA samples were transcribed from synthetic DNA templates using T7 RNA polymerase.

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY
3	3	3	3D 13C-separated NOESY
2	4	2	DQF-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5 mM VS RNA	90% H2O/10% D2O
2	1.5 mM VS RNA	100% D2O
3	1.5 mM VS RNA, 13C, 15N labeled	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	5 mM NaCl	6.0	ambient	274 K
2	5 mM NaCl	6.0	ambient	298 K
3	5 mM NaCl	6.0	ambient	298 K

結晶化

*PLUS

手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
XEASY	1.3.13	Bartels, C.	データ解析
CNS	1	Brunger, A.	構造決定
CNS	1	Brunger, A.	精密化

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: These structures were calculated using a total of 568 restraints; including 335 NOE-derived distance constraints, 158 dihedral angle restraints, 12 planarity restraints, and 63 H-bond distance restraints.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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