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- PDB-1hpw: STRUCTURE OF A PILIN MONOMER FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA: IMPLICA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hpw
タイトルSTRUCTURE OF A PILIN MONOMER FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA: IMPLICATIONS FOR THE ASSEMBLY OF PILI.
要素FIMBRIAL PROTEIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / fimbria / methylation (メチル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosphingolipid binding / biological process involved in interaction with host / 性繊毛 / ペリプラズム / 細胞接着 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein, Type 4 Pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Keizer, D.W. / Slupsky, C.M. / Campbell, A.P. / Irvin, R.T. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of a pilin monomer from Pseudomonas aeruginosa: implications for the assembly of pili.
著者: Keizer, D.W. / Slupsky, C.M. / Kalisiak, M. / Campbell, A.P. / Crump, M.P. / Sastry, P.A. / Hazes, B. / Irvin, R.T. / Sykes, B.D.
履歴
登録2000年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMBRIAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1171
ポリマ－13,1171
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #9closest to the average

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要素

#1: タンパク質 FIMBRIAL PROTEIN / PILIN


分子量: 13116.644 Da / 分子数: 1 / 断片: PILIN (RESIDUES 29-150) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K122-4 / プラスミド: PRLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P17838

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131DQF-COSY
141HNHA

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM K122-4 pilin dissolved in either 90% H2O/10% D2O or 99% D2O containing 20 mM deuterated sodium acetate, 1 mM NaN3 and 1 mM DSS, pH 5.0.
試料状態pH: 5.1 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.2BVariancollection
NMRPipeDelaglio解析
NMRView4.2Johnsonデータ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1213 restraints, 1032 are NOE-derived distance constraints, 181 dihedral angle restraints, 30 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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