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万見
- PDB-1hn3: SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL 37 AMINO ACIDS OF THE MOUSE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hn3
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL 37 AMINO ACIDS OF THE MOUSE ARF TUMOR SUPPRESSOR PROTEIN
要素P19 ARF PROTEIN
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Arf / p19Arf / Tumor Suppressor (がん抑制遺伝子) / p53 (P53遺伝子) / mdm2 (Mdm2)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / senescence-associated heterochromatin focus / regulation of cell cycle => GO:0051726 / : / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / regulation of cell cycle => GO:0051726 / negative regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / 核小体 ...: / senescence-associated heterochromatin focus / regulation of cell cycle => GO:0051726 / : / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / regulation of cell cycle => GO:0051726 / negative regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / 核小体 / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / : / regulation of nucleocytoplasmic transport / somatic stem cell division / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / : / autophagy of mitochondrion / positive regulation of protein sumoylation / mitochondrial depolarization / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / negative regulation of protein neddylation / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of protein export from nucleus / regulation of DNA-binding transcription factor activity / SUMO transferase activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of B cell proliferation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / somatic stem cell population maintenance / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / rRNA transcription / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / transcription factor binding / negative regulation of cell cycle / NF-kappaB binding / ヘイフリック限界 / epidermis development / MDM2/MDM4 family protein binding / response to organonitrogen compound / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein binding / negative regulation of protein kinase activity / protein destabilization / regulation of protein stability / negative regulation of cell growth / response to organic cyclic compound / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein localization to nucleus / protein polyubiquitination / rRNA processing / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of cellular senescence / 細胞老化 / disordered domain specific binding / p53 binding / glucose homeostasis / 遺伝子発現の調節 / amyloid fibril formation / protein stabilization / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / 核小体 / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #60 / Tumor suppressor ARF / Cyclin-dependent kinase inhibitor 2a p19Arf N-terminus / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor suppressor ARF
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / CNS was used for structure calculations
データ登録者DiGiammarino, E.L. / Filippov, I. / Weber, J.D. / Bothner, B. / Kriwacki, R.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the p53 regulatory domain of the p19Arf tumor suppressor protein.
著者: DiGiammarino, E.L. / Filippov, I. / Weber, J.D. / Bothner, B. / Kriwacki, R.W.
履歴
登録2000年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P19 ARF PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7351
ポリマ－4,7351
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11extended conformation

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要素

#1: タンパク質・ペプチド P19 ARF PROTEIN


分子量: 4734.634 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-37 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET28A-POLYHIS-SYN-ARF N37 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q64364

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Backbone dihedral angle restraints were obtained using the program TALOS developed by Cornilescu, G., Delaglio, F. and Bax, A.

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試料調製

詳細内容: 1mM mArfN37 15N or 15N/13C; 10mM potassium phosphate, pH 5.0; 50mM NaCl
溶媒系: 5% D2O; 30% TFE (v/v) in water
試料状態イオン強度: 60 / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1variancollection
NMRPipe1.7Delaglio, F.解析
Felix98MSIデータ解析
CNS1Brunger, A.T.構造決定
CNS1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: CNS was used for structure calculations / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: extended conformation
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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