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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hk2 | |||||||||
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タイトル | HUMAN SERUM ALBUMIN MUTANT R218H COMPLEXED WITH THYROXINE (3,3',5,5'-TETRAIODO-L-THYRONINE) | |||||||||
要素 | SERUM ALBUMIN | |||||||||
キーワード | PLASMA PROTEIN / HORMONE-BINDING / LIPID-BINDING / THYROXINE (甲状腺ホルモン) / FAMILIAL DYSALBUMINEMIC HYPERTHYROXINEMIA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Petitpas, I. / Petersen, C.E. / Ha, C.E. / Bhattacharya, A.A. / Zunszain, P.A. / Ghuman, J. / Bhagavan, N.V. / Curry, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Structural Basis of Albumin-Thyroxine Interactions and Familial Dysalbuminemic Hyperthyroxinemia 著者: Petitpas, I. / Petersen, C.E. / Ha, C.E. / Bhattacharya, A.A. / Zunszain, P.A. / Ghuman, J. / Bhagavan, N.V. / Curry, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hk2.cif.gz | 123.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hk2.ent.gz | 94 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hk2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hk2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66552.172 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P02768 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-T44 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | SERUM ALBUMIN, REGULATES THE COLLOIDAL OSMOTIC PRESSURE OF WATER, IT BINDS TO CA++, NA+, K+, FATTY ...SERUM ALBUMIN, REGULATES THE COLLOIDAL OSMOTIC PRESSURE OF WATER, IT BINDS TO CA++, NA+, K+, FATTY ACIDS, HORMONES, BILIRUBIN AND DRUGS ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 7 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8013 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8013 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→34.9 Å / Num. obs: 14703 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E7A 解像度: 2.8→34.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1061263.69 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED RESIDUES 1-4 AND 577-585 ARE DISORDERED AND HAVE NOT BEEN INCLUDED IN THE MODEL.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.3128 Å2 / ksol: 0.29143 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 34.9 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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