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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hfe | ||||||
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タイトル | 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS | ||||||
要素 | (PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) ...) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROGENASE (ヒドロゲナーゼ) / FE-ONLY HYDROGENASE / HYDROGENE METABOLISM / PERIPLASM (ペリプラズム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フェレドキシンヒドロゲナーゼ / ferredoxin hydrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / electron transfer activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Nicolet, Y. / Piras, C. / Legrand, P. / Hatchikian, E.C. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Desulfovibrio desulfuricans iron hydrogenase: the structure shows unusual coordination to an active site Fe binuclear center. 著者: Nicolet, Y. / Piras, C. / Legrand, P. / Hatchikian, C.E. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hfe.cif.gz | 238.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hfe.ent.gz | 185.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hfe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/1hfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/1hfe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-PROTEIN (FE-ONLY HYDROGENASE (E.C.1.18.99.1) ... , 2種, 4分子 STLM
#1: タンパク質 | 分子量: 13646.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS HAS EXACTLY THE SAME SEQUENCE AS THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (STRAIN HILDENBOROUGH) 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 参照: UniProt: P07603, 1.18.99.1 #2: タンパク質 | 分子量: 46011.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS HAS EXACTLY THE SAME SEQUENCE AS THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (STRAIN HILDENBOROUGH) 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 参照: UniProt: P07598, 1.18.99.1 |
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-非ポリマー , 8種, 1202分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-FE2 / #5: 化合物 | ChemComp-CYN / #6: 化合物 | ChemComp-SF4 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CMO / #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.6 / 詳細: pH 7.60 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.947375 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.947375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→21 Å / Num. obs: 158363 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.27 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.6 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 89.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.452 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: THE 2 MOLECULES OF THE ASYMMETRIC UNIT WERE NEVER CONSTRAINT WITH THE NON CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY DURING REFINEMENT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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