+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h0y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Alba: an archaeal chromatin protein modulated by acetylation | ||||||
要素 | DNA BINDING PROTEIN SSO10B | ||||||
キーワード | DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / ARCHAEA (古細菌) / CHROMATIN (クロマチン) / ALBA (オールバニ) / ACETYLATION (アセチル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromosome condensation / 染色体 / double-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wardleworth, B.N. / Russell, R.J.M. / Bell, S.D. / Taylor, G.L. / White, M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: Structure of Alba: An Archaeal Chromatin Protein Modulated by Acetylation 著者: Wardleworth, B.N. / Russell, R.J.M. / Bell, S.D. / Taylor, G.L. / White, M.F. #1: ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: The Interaction of Alba, a Conserved Archaeal Chromatin Protein, with Sir2 and its Regulation by Acetylation 著者: Bell, S.D. / Botting, C.H. / Wardleworth, B.N. / Jackson, S.P. / White, M.F. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of the Double-Stranded DNA Binding Protein Sso10B from Sulfolobus Solfataricus 著者: Wardleworth, B.N. / Russell, R.J.M. / White, M.F. / Taylor, G.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h0y.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1h0y.ent.gz | 19.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h0y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/1h0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/1h0y | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10990.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZF6, UniProt: P60849*PLUS |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Wardleworth, B.N., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, 57, 1893. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 4115 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.3 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.447 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H0X 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |