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万見
- PDB-1h09: Multimodular Pneumococcal Cell Wall Endolysin from phage Cp-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h09
タイトルMultimodular Pneumococcal Cell Wall Endolysin from phage Cp-1
要素LYSOZYMEリゾチーム
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / MUREIN HYDROLASE / LYSOZYME (リゾチーム) / MULTIMODULAR / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME / PNEUMOCOCCAL CELL WALL DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 / Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 / Glycosyl hydrolases family 25, active site / Glycosyl hydrolases family 25 active site signature. / Glycoside hydrolase, family 25 subgroup / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Cholin Binding ...Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 / Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 / Glycosyl hydrolases family 25, active site / Glycosyl hydrolases family 25 active site signature. / Glycoside hydrolase, family 25 subgroup / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Single Sheet / リボン / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACTERIOPHAGE CP-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hermoso, J.A. / Monterroso, B. / Albert, A. / Garcia, P. / Menendez, M. / Martinez-Ripoll, M. / Garcia, J.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Selective Recognition of Pneumococcal Cell Wall by Modular Endolysin from Phage Cp-1
著者: Hermoso, J.A. / Monterroso, B. / Albert, A. / Galan, B. / Ahrazem, O. / Garcia, P. / Martinez-Ripoll, M. / Garcia, J.L. / Menendez, M.
履歴
登録2002年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0901
ポリマ－39,0901
非ポリマー00
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.950, 95.780, 129.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / リゾチーム / MUREIN HYDROLASE / ENDOLYSIN / MURAMIDASE / CP-1 LYSIN


分子量: 39090.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE CP-1 (ファージ) / プラスミド: PCIP100 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: P15057, リゾチーム
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS PROTEIN IS A MODULAR ENZYME, THE FIRST RESIDUES (2-188) FORM THE CATALYTIC MODULE, WITH ...THIS PROTEIN IS A MODULAR ENZYME, THE FIRST RESIDUES (2-188) FORM THE CATALYTIC MODULE, WITH RESIDUES 189-199 FORMING THE LINKER AND FINALLY, THE CELL WALL ANCHORING MODULE IS FORMED BY RESIDUES 200-339.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: SAD WITH A NON-ISOMORPHOUS HG DERIVATIVE
結晶化pH: 6
詳細: 1.7M NA FORMATE, 0.1M NA CIT.(PH6),1.8MM N-DECYL-MALTOSIDE, pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMTris-HCl1droppH8.0
28 mg/mlprotein1drop
31.7 Msodium formate1reservoir
40.1 Msodium citrate1reservoirpH6.0
51.8 mMn-decyl-beta-D-maltoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.004
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39 Å / Num. obs: 28359 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 39 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.1→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1701629.16 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1429 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 28272 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----3.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2763 0 0 326 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 246 5.4 %
Rwork0.258 4276 -
obs--96.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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