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- PDB-1gvh: The X-ray structure of ferric Escherichia coli flavohemoglobin re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gvh
タイトルThe X-ray structure of ferric Escherichia coli flavohemoglobin reveals an unespected geometry of the distal heme pocket
要素FLAVOHEMOPROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / HEME (ヘム) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / FAD / IRON TRANSPOR
機能・相同性
機能・相同性情報


一酸化窒素ジオキシゲナーゼ / hydroperoxide reductase activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / nitric oxide catabolic process / response to nitrosative stress / FAD binding / fatty acid binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance ...一酸化窒素ジオキシゲナーゼ / hydroperoxide reductase activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / nitric oxide catabolic process / response to nitrosative stress / FAD binding / fatty acid binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Βバレル / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Flavohemoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Ilari, A. / Johnson, K.A. / Bonamore, A. / Farina, A. / Boffi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The X-Ray Structure of Ferric Escherichia Coli Flavohemoglobin Reveals an Unexpected Geometry of the Distal Heme Pocket
著者: Ilari, A. / Bonamore, A. / Farina, A. / Johnson, K.A. / Boffi, A.
履歴
登録2002年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVOHEMOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4006
ポリマ－43,9161
非ポリマー1,4835
水3,441191
1
A: FLAVOHEMOPROTEIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)544,79972
ポリマ－526,99712
非ポリマー17,80260
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
crystal symmetry operation12_559x,x-y,-z+41
crystal symmetry operation8_559x-y,-y,-z+41
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_559y,x,-z+41
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation10_559-y,-x,-z+41
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation11_559-x+y,y,-z+41
crystal symmetry operation9_559-x,-x+y,-z+41
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)164.860, 164.860, 53.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FLAVOHEMOPROTEIN / FLAVOHEMOGLOBIN / DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE / HEMOGLOBIN-LIKE PROTEIN / DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE ...FLAVOHEMOGLOBIN / DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE / HEMOGLOBIN-LIKE PROTEIN / DIHYDROPTERIDINE REDUCTASE / FERRISIDEROPHORE REDUCTASE B / NITRIC OXIDE DIOXYGENASE / NOD


分子量: 43916.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24232, 1.6.99.7

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非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化pH: 5.1
詳細: SODIUM ACETATE 0.1 M PH 5.1, PEG 3350 21-26%, NACL 0.2 M
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 5.3 / PH range high: 5.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
122 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoirpH5.1-5.3
321-26 %PEG33501reservoir
40.2 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→25 Å / Num. obs: 22448 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.19→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 --
Rwork0.187 --
obs0.187 22443 99.39 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3097 0 99 191 3387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d4.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROLSQ.PROTTOPH19X_HEME.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPOL.FAD
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.FADTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.SOLV
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.801
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.397
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg4.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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