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万見
- PDB-1guf: Enoyl thioester reductase from Candida tropicalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1guf
タイトルEnoyl thioester reductase from Candida tropicalis
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH, B-SPECIFIC] 1, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種CANDIDA TROPICALIS (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Airenne, T.T. / Torkko, J.M. / Van Der Plas, S. / Sormunen, R.T. / Kastaniotis, A.J. / Wierenga, R.K. / Hiltunen, J.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure-Function Analysis of Enoyl Thioester Reductase Involved in Mitochondrial Maintenance
著者: Airenne, T.T. / Torkko, J.M. / Van Der Plas, S. / Sormunen, R.T. / Kastaniotis, A.J. / Wierenga, R.K. / Hiltunen, J.K.
履歴
登録2002年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH, B-SPECIFIC] 1, MITOCHONDRIAL
B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH, B-SPECIFIC] 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,83117
ポリマ－79,1112
非ポリマー2,72015
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-105.1 kcal/mol
Surface area30140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.170, 92.170, 225.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.721, 0.6687, -0.1816), (0.6801, 0.6329, -0.37), (-0.1325, -0.3903, -0.9111)
ベクター: 134.7482, -38.9412, 71.6938)

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要素

#1: タンパク質 ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH, B-SPECIFIC] 1, MITOCHONDRIAL / 2 / 4-DIENOYL-COA REDUCTASE / TRANS-2-ENOYL-COA REDUCTASE 1 / 2-ENOYL THIOESTER REDUCTASE


分子量: 39555.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA TROPICALIS (酵母) / 株: PK233 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ1991
参照: UniProt: Q8WZM3, EC: 1.3.1.10, Trans-2-エノイルCoAレダクターゼ (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.83 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.7 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1droppH7.0
3150 mM1dropNaCl
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MADA/NaOH1reservoirpH6.5
60.1 M1reservoirMgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 53552 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.013 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.013
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Num. unique obs: 5181 / Rmerge(I) obs: 0.402

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GU7

1gu7


解像度: 2.25→24.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 212740.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2573 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 51164 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.3333 Å2 / ksol: 0.36995 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å22.93 Å20 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3----3.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→24.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5576 0 166 593 6335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 258 5.5 %
Rwork0.189 4471 -
obs--90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NDP_XPLOR_PAR.TXTNDP_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GOL_XPLOR_PAR.TXTGOL_XPLOR_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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