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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gro | ||||||
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タイトル | REGULATORY AND CATALYTIC MECHANISMS IN ESCHERICHIA COLI ISOCITRATE DEHYDROGENASE: MULTIPLE ROLES FOR N115 | ||||||
要素 | ISOCITRATE DEHYDROGENASEイソクエン酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (NAD(A)-CHOH(D)) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / GLYOXYLATE BYPASS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 イソクエン酸デヒドロゲナーゼ / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / グリオキシル酸回路 / guanosine tetraphosphate binding / クエン酸回路 / 電子伝達系 / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Grobler, J.A. / Hurley, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Second-site suppression of regulatory phosphorylation in Escherichia coli isocitrate dehydrogenase. 著者: Chen, R. / Grobler, J.A. / Hurley, J.H. / Dean, A.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Regulation of Isocitrate Dehydrogenase by Phosphorylation Involves No Long-Range Conformational Change in the Free Enzyme 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Thorsness, P.E. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #2: ジャーナル: Science / 年: 1990 タイトル: Regulation of an Enzyme by Phosphorylation at the Active Site 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Sohl, J.L. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989 タイトル: Structure of a Bacterial Enzyme Regulated by Phosphorylation, Isocitrate Dehydrogenase 著者: Hurley, J.H. / Thorsness, P.E. / Ramalingam, V. / Helmers, N.H. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gro.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gro.ent.gz | 69.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/1gro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/1gro | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 262 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45836.629 Da / 分子数: 1 / 変異: S113E, N115L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08200, イソクエン酸デヒドロゲナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ICT / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 26055 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / % possible obs: 65.7 % / Num. unique obs: 1921 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→6 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |