+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gpz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ZYMOGEN CATALYTIC DOMAIN OF COMPLEMENT PROTEASE C1R | |||||||||
要素 | COMPLEMENT C1R COMPONENT | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ACTIVATION / COMPLEMENT / INNATE IMMUNITY / MODULAR STRUCTURE / SERINE PROTEASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 complement subcomponent C_overbar_1r_ / molecular sequestering activity / zymogen activation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / serine-type peptidase activity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / immune response ...complement subcomponent C_overbar_1r_ / molecular sequestering activity / zymogen activation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / serine-type peptidase activity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / immune response / serine-type endopeptidase activity / innate immune response / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Budayova-Spano, M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Gaboriaud, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2002 タイトル: The Crystal Structure of the Zymogen Catalytic Domain of Complement Protease C1R Reveals that a Disruptive Mechanical Stress is Required to Trigger Activation of the C1 Complex. 著者: Budayova-Spano, M. / Lacroix, M. / Thielens, N. / Arlaud, G. / Fontecilla-Camps, J.C. / Gaboriaud, C. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gpz.cif.gz | 165.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1gpz.ent.gz | 127.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gpz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1gpz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1gpz_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gpz_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gpz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1elvS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45411.301 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN C1R, RESIDUES 307-705 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: EXPRESSION USING A BACULOVIRUS/INSECT CELLS SYSTEM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P00736, complement subcomponent C_overbar_1r_ #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8.5 詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TAPS, PH 8.5, AT 20 DEG C. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月15日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND(111),GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→12 Å / Num. obs: 27235 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.343 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / % possible obs: 99.8 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ELV 解像度: 2.9→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1013268.36 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD USING AMPLITUDES
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 12 Å / Rfactor Rfree: 0.292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|