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万見
- PDB-1gok: Thermostable xylanase I from Thermoascus aurantiacus- Crystal form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gok
タイトルThermostable xylanase I from Thermoascus aurantiacus- Crystal form II
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASEキシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / XYLANASE (キシラナーゼ) / FAMILY 10 / PLANT CELL WALL DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
キシラナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOASCUS AURANTIACUS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Pickersgill, R.W.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A
著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Eckert, K. / Teixeira, S.C.M. / Bhat, M.K. / Andrei, C. / Pickersgill, R.W. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Anisotropic Refinement of the Structure of Thermoascus Aurantiacus Xylanase I
著者: Teixeira, S. / Lo Leggio, L. / Pickersgill, R. / Cardin, C.
#2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 1999
タイトル: High Resolution Structure and Sequence of T. Aurantiacus Xylanase I: Implications for the Evolution of Thermostability in Family 10 Xylanases and Enzymes with Beta/Alpha Barrel Architecture
著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Bhat, M.K. / Pickersgill, R.W.
#3: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 1998
タイトル: Superfamilies: The 4/7 Superfamily of Beta/ Alpha-Barrel Glycosidases and the Right-Handed Parallel Beta-Helix Superfamily
著者: Pickersgill, R. / Harris, G. / Lo Leggio, L. / Mayans, O. / Jenkins, J.
#4: ジャーナル: Structural Studies of Xylanases and Endoglucanases
年: 1997
タイトル: Structure Solution of Thermoascus Aurantiacus Xylanase. Structural Studies of Xylanases and Endoglucanases
著者: Lo Leggio, L.
履歴
登録2001年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2002年6月18日ID: 1TAX
改定 1.12013年9月4日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Polymer sequence / カテゴリ: atom_site / entity_poly
Item: _atom_site.occupancy / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8911
ポリマ－32,8911
非ポリマー00
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.220, 59.240, 51.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE / キシラナーゼ / XYLANASE / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE / TAXI


分子量: 32890.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMOASCUS AURANTIACUS (菌類) / 参照: UniProt: P23360, キシラナーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 1-26 REFER TO THE SIGNAL PEPTIDE. IT IS NOT KNOWN IF GLN 303 IS PRESENT IN THE CRYSTAL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.9 % / 解説: THE PH OF CRYSTALLIZATION WAS NOT BUFFERED
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING DROPS CONTAINING 1:1 RATIO OF 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION AND RESERVOIR SOLUTION (12 % TO 25 % PEG 6,000)., pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→39.5 Å / Num. obs: 80691 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.82
反射 シェル解像度: 1.14→1.15 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EXO

2exo


解像度: 1.14→39.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: A VERY IMPORTANT STEP TOWARDS STRUCTURE SOLUTION WAS REFINEMENT USING ARP (AUTOMATED REFINEMENT PROCEDURE)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 2795 3.5 %FREER FLAG (CCP4)
Rwork0.18 ---
obs0.18 80632 85.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.847 Å20 Å2-1.132 Å2
2--0.277 Å20 Å2
3---0.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.1404 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.0939 Å0.0889 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2312 0 0 248 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.7142
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.0862.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.3222.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0443
LS精密化 シェル解像度: 1.14→1.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 133 3.79 %
Rwork0.354 3375 -
obs--75.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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