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万見
- PDB-1go0: NMR Structure of Ribosomal Protein L30e from Thermococcus celer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1go0
タイトルNMR Structure of Ribosomal Protein L30e from Thermococcus celer
要素50S RIBOSOMAL PROTEIN L30Eリボソーム
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING / RIBOSOME (リボソーム) / THERMOPHILIC (好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30/S12 / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...Ribosomal protein L30/S12 / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL30
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOCOCCUS CELER (古細菌)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING USING AMBIGUOUS NOES
データ登録者Chan, S.-H. / Bycroft, M. / Freund, S.M.V. / Wong, K.-B.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure and Thermal Stability of Ribosomal Protein L30E from Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus Celer
著者: Wong, K.-B. / Lee, C.-F. / Chan, S.-H. / Leung, T.-Y. / Chen, Y.W. / Bycroft, M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The Complete Atomic Structure of the Large Ribosomal Subunit at 2.4 A Resolution
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Local Folding Coupled to RNA Binding in the Yeast Ribosomal Protein L30
著者: Mao, H. / Willamson, J.R.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: A Novel Loop-Loop Recognition Motif in the Yeast Ribosomal Protein L30 Autoregulatory RNA Complex
著者: Mao, H. / White, S.A. / Willamson, J.R.
履歴
登録2001年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9951
ポリマ－10,9951
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30E / リボソーム


分子量: 10994.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS CELER (古細菌) / プラスミド: PRSET-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P29160
構成要素の詳細MEMBER OF THE L30E FAMILY OF RIBOSOMAL PROTEINS.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
13115N-NOESY-HSQC
14113C-NOESY-HSQC
15113C-HSQC-NOESY-HSQC
161HNCA
171HN(CO)CA
181HN(CA)CB
191CBCA(CO)NH
1101(H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTUER WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR EXPERIMENTS ON 13C/15N LABELLED SAMPLE

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試料調製

詳細内容: 20MM SODIUM ACETATE, 0.5M NA2SO4
試料状態pH: 5.6 / 圧: AMBIENT / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER ET AL., LINGE ET AL.精密化
NMRPipe構造決定
NMRView構造決定
CNS構造決定
ARIA構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING USING AMBIGUOUS NOES / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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