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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g7k | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DSRED, A RED FLUORESCENT PROTEIN FROM DISCOSOMA SP. RED | |||||||||
要素 | FLUORESCENT PROTEIN FP583 | |||||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / Fluorescent Protein / GFP / Coral / Red / Beta Barrel / Chromophore / dsred / drFP583 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Discosoma sp. (イソギンチャク) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Yarbrough, D. / Wachter, R.M. / Kallio, K. / Matz, M.V. / Remington, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Refined crystal structure of DsRed, a red fluorescent protein from coral, at 2.0-A resolution. 著者: Yarbrough, D. / Wachter, R.M. / Kallio, K. / Matz, M.V. / Remington, S.J. #1: ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 1999 タイトル: Fluorescent Proteins from Nonbioluminescent Anthozoa Species 著者: Matz, M.V. / Fradkov, A.F. / Labas, Y.A. / Savitsky, A.P. / Zaraisky, A.G. / Markelov, M.L. / Lukyanov, S.A. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: The Structure of the Chromophore within DsRed, a Red Fluorescent Protein from Coral 著者: Gross, L.A. / Baird, G.S. / Hoffman, R.C. / Baldridge, K.K. / Tsien, R.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g7k.cif.gz | 197.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g7k.ent.gz | 158.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g7k_validation.pdf.gz | 455.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g7k_full_validation.pdf.gz | 495.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g7k_validation.xml.gz | 42.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g7k_validation.cif.gz | 58 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/1g7k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the full biological assembly is the homotetramer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27551.205 Da / 分子数: 4 / 変異: RESIDUES 66-68 REPLACED BY CRO / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 遺伝子: DRFP583 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9U6Y8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES GLN 66, TYR 67, GLY 68 ARE MODIFIED TO MAKE THE CHROMOPHOR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 4000, Tris, Beta-Mercaptoethanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97887,0.97868,0.95373 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月21日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-Crystal Si 111 crystals / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→24.1 Å / Num. all: 56056 / Num. obs: 56056 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 18.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / % possible all: 95.1 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25.1 Å / Num. obs: 56118 / Num. measured all: 232348 / Rmerge(I) obs: 0.027 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.044 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25.1 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.162 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |