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- PDB-1g5z: CRYSTAL STRUCTURE OF LYME DISEASE ANTIGEN OUTER SURFACE PROTEIN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LYME DISEASE ANTIGEN OUTER SURFACE PROTEIN C (OSPC) FROM BORRELIA BURGDORFERI STRAIN N40
要素OUTER SURFACE PROTEIN C
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Surface Protein (細胞膜) / Alpha helix protein (Αヘリックス)
機能・相同性Lipoprotein, type 6 / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / リポタンパク質 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / cell outer membrane / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Outer surface protein C
機能・相同性情報
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Eicken, C. / Sharma, V. / Klabunde, T. / Owens, R.T. / Pikas, D.S. / Hook, M. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of Lyme disease antigen outer surface protein C from Borrelia burgdorferi.
著者: Eicken, C. / Sharma, V. / Klabunde, T. / Owens, R.T. / Pikas, D.S. / Hook, M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER SURFACE PROTEIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6921
ポリマ－17,6921
非ポリマー00
水3,477193
1
A: OUTER SURFACE PROTEIN C

A: OUTER SURFACE PROTEIN C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3842
ポリマ－35,3842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.079, 47.052, 110.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

21A-599-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 OUTER SURFACE PROTEIN C


分子量: 17692.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31117
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 1500, EDTA, DTT, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
412 %PEG15001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54078 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 5757 / Num. obs: 5757 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.207 / % possible all: 89.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.6 % / Rmerge(I) obs: 0.207

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→19.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 253477.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 315 5.6 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 5581 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.83 Å20 Å20 Å2
2---7.58 Å20 Å2
3---0.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→19.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 0 193 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 50 6.6 %
Rwork0.251 708 -
obs--75.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 5261 / Rfactor Rfree: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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