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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g20 | ||||||
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タイトル | MGATP-BOUND AND NUCLEOTIDE-FREE STRUCTURES OF A NITROGENASE PROTEIN COMPLEX BETWEEN LEU127DEL-FE PROTEIN AND THE MOFE PROTEIN | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitrogen-fixation / Fe protein / MoFe protein / P-cluster and FeMo cofactor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molybdenum-iron nitrogenase complex / ニトロゲナーゼ / carbonyl sulfide nitrogenase activity / nitrogenase activity / 窒素固定 / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chiu, H.-J. / Peters, J.W. / Lanzilotta, W.N. / Ryle, M.J. / Seefeldt, L.C. / Howard, J.B. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: MgATP-Bound and nucleotide-free structures of a nitrogenase protein complex between the Leu 127 Delta-Fe-protein and the MoFe-protein. 著者: Chiu, H. / Peters, J.W. / Lanzilotta, W.N. / Ryle, M.J. / Seefeldt, L.C. / Howard, J.B. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g20.cif.gz | 615.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g20.ent.gz | 499.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/1g20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/1g20 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer, and each subunit contains one MoeFe protein and two Fe protein monomers |
-要素
-NITROGENASE MOLYBDENUM-IRON PROTEIN ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 55363.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, ニトロゲナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, ニトロゲナーゼ |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 EFGH
#3: タンパク質 | 分子量: 31435.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00459, ニトロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 1076分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microcapillary batch diffusion / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl. Ph 8.8, pH 8.5, microcapillary batch diffusion, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 167675 / Num. obs: 157699 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 83.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 1092580 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2MIN 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.219 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |