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- PDB-1fwp: CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA (RESIDUES 159-227), NMR, MINIMIZED AV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fwp
タイトルCHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA (RESIDUES 159-227), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素CHEA
キーワードCHEMOTAXIS (走化性) / KINASE (キナーゼ) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / histidine kinase ...negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / establishment of localization in cell / 走化性 / リン酸化 / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain ...CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Mcevoy, M.M. / Dahlquist, F.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure and dynamics of a CheY-binding domain of the chemotaxis kinase CheA determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
著者: McEvoy, M.M. / Muhandiram, D.R. / Kay, L.E. / Dahlquist, F.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Assignments and Global Fold of a Chey-Binding Domain in Chea, the Chemotaxis-Specific Kinase of Escherichia Coli
著者: Mcevoy, M.M. / Zhou, H. / Roth, A.F. / Lowry, D.F. / Morrison, T.B. / Kay, L.E. / Dahlquist, F.W.
履歴
登録1996年2月6日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0191
ポリマ－15,0191
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CHEA / / P2 DOMAIN OF CHEA


分子量: 15019.027 Da / 分子数: 1 / 断片: CHEY-BINDING DOMAIN, RESIDUES 159 - 227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CHEA (RESIDUES 124-257) / プラスミド: PTM22 / 遺伝子 (発現宿主): CHEA (RESIDUES 124-257) / 発現宿主: TAC PROMOTER / 参照: UniProt: P07363

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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