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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fvh | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NEURONAL SEC1 FROM THE SQUID L. PEALEI | ||||||
要素 | SEC1 | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / PARALLEL BETA-SHEETS / LEFT-HAND TURN CONNECTION / HELICAL BUNDLE (ヘリックスバンドル) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle docking involved in exocytosis / neurotransmitter secretion / syntaxin-1 binding / 分泌 / intracellular protein transport / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Loligo pealei (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bracher, A. / Weissenhorn, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of neuronal squid Sec1 implicate inter-domain hinge movement in the release of t-SNAREs. 著者: Bracher, A. / Weissenhorn, W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of squid neuronal Sec1 著者: Bracher, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. #2: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: The X-ray Crystal Structure of Neuronal Sec1 from Squid Sheds New Light on the Role of this Protein in Exocytosis 著者: Bracher, A. / Perrakis, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fvh.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fvh.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fvh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/1fvh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67830.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / 解説: LOLIGO, PEALEI, GIANT AXON / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O62547 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch crystallization / pH: 7.4 詳細: Hepes, potassium chloride, dithiothreitol , pH 7.4, BATCH CRYSTALLIZATION, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Bracher, A., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.939 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 17776 / Num. obs: 16849 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 60.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1293 / % possible all: 72.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EPU 解像度: 2.8→14.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 34.6129 Å2 / ksol: 0.323526 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.74 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.388 / % reflection Rfree: 5.7 % / Rfactor Rwork: 0.41 / Rfactor obs: 0.41 |