+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fur | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FUMARASE MUTANT H188N WITH BOUND SUBSTRATE L-MALATE AT PUTATIVE ACTIVATOR SITE | ||||||
要素 | FUMARASE C | ||||||
キーワード | HYDROLYASE / CARBON OXYGEN LYASE / KREB'S CYCLE ENZYME / FUMARATE HYDRATASE (フマル酸ヒドラターゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / fumarate hydratase activity / フマル酸ヒドラターゼ / fumarate metabolic process / malate metabolic process / クエン酸回路 / response to oxidative stress / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Weaver, T.M. / Lees, M. / Banaszak, L.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Mutations of fumarase that distinguish between the active site and a nearby dicarboxylic acid binding site. 著者: Weaver, T. / Lees, M. / Banaszak, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fur.cif.gz | 235 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fur.ent.gz | 191.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fur | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.497147, -0.009049, 0.867619), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50524.727 Da / 分子数: 2 / 変異: H188N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM105 解説: SITE-DIRECTED MUTANT OF FUMARASE C WAS GENERATED BY PCR. THE NATIVE ENZYME ALSO INCORPORATES A 5 HIS TAG ON THE CARBOXY TERMINUS THAT IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS CALCULATED ...解説: SITE-DIRECTED MUTANT OF FUMARASE C WAS GENERATED BY PCR. THE NATIVE ENZYME ALSO INCORPORATES A 5 HIS TAG ON THE CARBOXY TERMINUS THAT IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS CALCULATED USING PHASES CALCULATED FROM THE FINAL MODEL COORDINATES. 細胞株: 293 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: FUMC / プラスミド: PASK40_188EFUMC / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): FUMC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P05042, フマル酸ヒドラターゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 150MM CITRATE PH 5.0 AND 14% PEG 4000 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→8 Å / Num. obs: 79307 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.88 Å / 冗長度: 0.75 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 49 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FUO 解像度: 1.95→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0025 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|