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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1frx | ||||||
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タイトル | STRUCTURE AND PROPERTIES OF C20S FDI MUTANT | ||||||
![]() | FERREDOXIN![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Site-directed mutagenesis of Azotobacter vinelandii ferredoxin I: cysteine ligation of the [4Fe-4S] cluster with protein rearrangement is preferred over serine ligation. 著者: Shen, B. / Jollie, D.R. / Diller, T.C. / Stout, C.D. / Stephens, P.J. / Burgess, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 12043.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PKT230 / 参照: UniProt: P00214 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-F3S / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
構成要素の詳細 | IN THIS MUTANT A LIGAND TO THE 4FE CLUSTER, CYS 20, HAS BEEN CHANGED TO SER 20. CONSEQUENTLY, FE4 ...IN THIS MUTANT A LIGAND TO THE 4FE CLUSTER, CYS 20, HAS BEEN CHANGED TO SER 20. CONSEQUENT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化![]() | *PLUS 温度: 2 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Shen, B., (1994) J.Biol.Chem., 269, 8564. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 5700 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 44495 / Rmerge F obs: 0.085 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 96.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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