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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1frk | ||||||
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タイトル | AZOTOBACTER VINELANDII FERREDOXIN I: ALTERATION OF INDIVIDUAL SURFACE CHARGES AND THE [4FE-4S] CLUSTER REDUCTION POTENTIAL | ||||||
要素 | FERREDOXINフェレドキシン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Azotobacter vinelandii ferredoxin I. Alteration of individual surface charges and the [4FE-4S]2+/+ cluster reduction potential. 著者: Shen, B. / Jollie, D.R. / Stout, C.D. / Diller, T.C. / Armstrong, F.A. / Gorst, C.M. / La Mar, G.N. / Stephens, P.J. / Burgess, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1frk.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1frk.ent.gz | 22.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1frk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1frk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1frk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12036.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: PKT230 / 参照: UniProt: P00214 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-F3S / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 2 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Stout, C.D., (1979) J. Biol. Chem., 254, 3598. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 9978 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 50132 / Rmerge F obs: 0.083 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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