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万見
- PDB-1fqz: NMR VALIDATED MODEL OF DOMAIN IIID OF HEPATITIS C VIRUS INTERNAL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fqz
タイトルNMR VALIDATED MODEL OF DOMAIN IIID OF HEPATITIS C VIRUS INTERNAL RIBOSOME ENTRY SITE
要素HEPATITIS C VIRUS IRES DOMAIN IIID
キーワードRNA (リボ核酸) / trans wobble G.U pair / S-turn / sarcin-ricin loop / loop E motif / sheared G.A pair / reverse Hoogsteen A.U pair
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Using a motif-based approach, a model was constructed from X-ray, NMR structures of 6 known RNA motifs: (i) double helix, (ii) sheared G.A base pair, (iii) eukaryotic loop E motif, (iv) S-turn, (v) trans Wobble G.U pair, (vi) U-turn. The resulting energy minimized model was then validated by comparing it with the NOESY data.
データ登録者Klinck, R. / Westhof, E. / Walker, S. / Afshar, M. / Collier, A. / Aboul-ela, F.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2000
タイトル: A potential RNA drug target in the hepatitis C virus internal ribosomal entry site.
著者: Klinck, R. / Westhof, E. / Walker, S. / Afshar, M. / Collier, A. / Aboul-Ela, F.
履歴
登録2000年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATITIS C VIRUS IRES DOMAIN IIID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8001
ポリマ－8,8001
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 HEPATITIS C VIRUS IRES DOMAIN IIID


分子量: 8800.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Transcribed using T7 RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
2322D NOESY
2432D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM RNA, 8mM sodium phosphate buffer pH 6.690% H2O/10% D2O
21.2 mM RNA, 8mM sodium phosphate buffer pH 6.6100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
18mM Na phosphate 6.6 ambient 278 K
28mM Na phosphate 6.6 ambient 298 K
38mM Na phosphate 6.6 ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Brukercollection
NMRPipe1.7Delaglio解析
Sparky3.66Goddard & Knellerデータ解析
CHARMM25.2Brooks et al.精密化
Insight II97MSI精密化
精密化手法: Using a motif-based approach, a model was constructed from X-ray, NMR structures of 6 known RNA motifs: (i) double helix, (ii) sheared G.A base pair, (iii) eukaryotic loop E motif, (iv) S- ...手法: Using a motif-based approach, a model was constructed from X-ray, NMR structures of 6 known RNA motifs: (i) double helix, (ii) sheared G.A base pair, (iii) eukaryotic loop E motif, (iv) S-turn, (v) trans Wobble G.U pair, (vi) U-turn. The resulting energy minimized model was then validated by comparing it with the NOESY data.
ソフトェア番号: 1
詳細: Motifs (i) to (vi) were obtained from the following sources: (i) idealized A-form coordinates (InsightII, MSI); (ii)&(iii) PDB 430D.pdb; (iv) PDB 1ETG.pdb; (vi) PDB 1QA6.pdb; Motif (v) was constructed manually.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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