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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fpk | ||||||
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タイトル | FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE (D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE 1-PHOSPHOHYDROLASE) COMPLEXED WITH THALLIUM IONS (10 MM) | ||||||
要素 | FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASEフルクトース-1,6-ビスホスファターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER) / HYDROLASE (加水分解酵素) / PHOSPHORIC MONOESTER / CARBOHYDRATE METABOLISM (炭水化物代謝) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 糖新生 / sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding ...糖新生 / sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / negative regulation of glycolytic process / regulation of gluconeogenesis / AMP binding / 脱リン酸化 / 糖新生 / negative regulation of cell growth / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Villeret, V. / Lipscomb, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: Crystallographic evidence for the action of potassium, thallium, and lithium ions on fructose-1,6-bisphosphatase. 著者: Villeret, V. / Huang, S. / Fromm, H.J. / Lipscomb, W.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structural Aspects of the Allosteric Inhibition of Fructose-1,6-Bisphosphatase by AMP: The Binding of Both the Substrate Analogue 2,5-Anhydro-D-Glucitol 1,6-Bisphosphate and Catalytic ...タイトル: Structural Aspects of the Allosteric Inhibition of Fructose-1,6-Bisphosphatase by AMP: The Binding of Both the Substrate Analogue 2,5-Anhydro-D-Glucitol 1,6-Bisphosphate and Catalytic Metal Ions Monitored by X-Ray Crystallography 著者: Villeret, V. / Huang, S. / Zhang, Y. / Lipscomb, W.N. #2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1993 タイトル: Structural Similarities between Fructose-1,6-Bisphosphatase and Inositol Monophosphatase 著者: Zhang, Y. / Liang, J.-Y. / Lipscomb, W.N. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Crystallographic Studies of the Catalytic Mechanism of the Neutral Form of Fructose-1,6-Bisphosphatase 著者: Zhang, Y. / Liang, J.-Y. / Huang, S. / Ke, H. / Lipscomb, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fpk.cif.gz | 128.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fpk.ent.gz | 102.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fpk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/1fpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/1fpk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THERE ARE TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH IS HALF THE MOLECULE. RESIDUES 1 - 6 AND 55 - 71 WERE OMITTED IN THE MODEL DUE TO A LACK OF WELL-DEFINED ELECTRON DENSITY. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36503.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: KIDNEY腎臓 / 参照: UniProt: P00636, fructose-bisphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-TL / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 日付: 1994年12月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→15 Å / Num. obs: 14091 / % possible obs: 74 % / 冗長度: 2.41 % / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 33304 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |