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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1feq | ||||||||||||||||||
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タイトル | NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTICODON OF TRNA(LYS3) WITH T6A MODIFICATION AT POSITION 37 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / TRNA (転移RNA) / Anticodon STEM LOOP / TRNA DOMAIN (転移RNA) / RNA HAIRPIN / T6A | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / global fold by distance geometry. Refinement by simulated annealing using the AMBER forcefield | データ登録者 | Stuart, J.W. / Gdaniec, Z. / Guenther, R.H. / Marszalek, M. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 | タイトル: Functional anticodon architecture of human tRNALys3 includes disruption of intraloop hydrogen bonding by the naturally occurring amino acid modification, t6A. 著者: Stuart, J.W. / Gdaniec, Z. / Guenther, R. / Marszalek, M. / Sochacka, E. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1feq.cif.gz | 124.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1feq.ent.gz | 101.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1feq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1feq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1feq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5510.319 Da / 分子数: 1 断片: ANTICODON (RESIDUES 27-43) OF TRNA(LYS3) WITH T6A MODIFICATION AT POSITION 37 由来タイプ: 合成 詳細: sequence of tRNA(Lys3) with terminal base pair replaced with GC to enhance synthesis yield and stability |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.2 mM RNA, 10 mM cacodylate buffer, pH 5.6, 0.1 mM EDTA 溶媒系: 94% H2O, 6% D2O |
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試料状態 | pH: 5.6 / 圧: 1 atm / 温度: 289 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: global fold by distance geometry. Refinement by simulated annealing using the AMBER forcefield ソフトェア番号: 1 詳細: 272 restraints, 207 NOE-derived, 13 h-bond, 52 dihedral angle. Chi torsion was left unrestrained although likely anti for all residues. | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure of family a (struct 2-5) | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |