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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fe4 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY-HAH1 | |||||||||
要素 | COPPER TRANSPORT PROTEIN ATOX1 | |||||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / beta-alpha-beta-beta-alpha-beta | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Lamb, A.L. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural basis for copper transfer by the metallochaperone for the Menkes/Wilson disease proteins. 著者: Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Lamb, A.L. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fe4.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fe4.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fe4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fe4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 7412.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER肝臓 / プラスミド: PMAGDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00244 #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース | |
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-非ポリマー , 4種, 126分子
#3: 化合物 | ChemComp-IUM / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MES buffer, ammonium sulfate, magnesium chloride, dithiothreitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.02 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 288469 / Num. obs: 20119 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / % possible all: 87.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 288469 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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