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- PDB-1fdb: CRYSTAL STRUCTURES OF OXIDIZED AND REDUCED AZOTOBACTER VINELANDII... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdb
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF OXIDIZED AND REDUCED AZOTOBACTER VINELANDII FERREDOXIN AT PH 8 AND PH 6
要素FERREDOXINフェレドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT(IRON-SULFUR)
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits ...Ferredoxin, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Stout, C.D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Crystal structures of oxidized and reduced Azotobacter vinelandii ferredoxin at pH 8 and 6.
著者: Stout, C.D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Crystallographic Analysis of Two Site-Directed Mutants of Azotobacter Vinelandii Ferredoxin
著者: Soman, J. / Iismaa, S. / Stout, C.D.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990
タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Azotobacter Vinelandii Ferredoxin I. (Fe-S) Cluster-Driven Protein Rearrangement
著者: Martin, A.E. / Burgess, B.K. / Stout, C.D. / Cash, V.L. / Dean, D.R. / Jensen, G.M. / Stephens, P.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Refinement of the 7 Fe Ferredoxin from Azotobacter at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Stout, C.D.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: 7-Iron Ferredoxin Revisited
著者: Stout, C.D.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: (4Fe-4S)-Cluster-Depleted Azotobacter Vinelandii Ferredoxin I. A New 3Fe Iron-Sulfur Protein
著者: Stephens, P.J. / Morgan, T.V. / Devlin, F. / Penner-Hahn, J.E. / Hodgson, K.O. / Scott, R.A. / Stout, C.D. / Burgess, B.K.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Structure of Azotobacter Vinelandii 7Fe Ferredoxin. Amino Acid Sequence and Electron Density Maps of Residues
著者: Howard, J.B. / Lorsbach, T.W. / Ghosh, D. / Melis, K. / Stout, C.D.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Iron-Sulfur Clusters and Protein Structure of Azotobacter Ferredoxin at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Ghosh, D. / O'Donnell, S. / Fureyjunior, W. / Robbins, A.H. / Stout, C.D.
#8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: Structure of a 7Fe Ferredoxin from Azotobacter Vinelandii
著者: Ghosh, D. / Fureyjunior, W. / O'Donnell, S. / Stout, C.D.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1980
タイトル: Iron-Sulfur Clusters in Azotobacter Ferredoxin at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Stout, C.D. / Ghosh, D. / Pattabhi, V. / Robbins, A.H.
#10: ジャーナル: Am.Cryst.Assoc.,Abstr.Papers (Winter Meeting)
年: 1979
タイトル: Structure of the Iron-Sulfur Clusters in Azotobacter Ferredoxin at 4.0 Angstroms Resolution
著者: Stout, C.D.
#11: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979
タイトル: Two Crystal Forms of Azotobacter Ferredoxin
著者: Stout, C.D.
#12: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Structure of the Iron-Sulphur Clusters in Azotobacter Ferredoxin at 4.0 Angstroms Resolution
著者: Stout, C.D.
履歴
登録1993年6月29日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7073
ポリマ－12,0601
非ポリマー6472
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.500, 55.500, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN / フェレドキシン


分子量: 12059.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
参照: UniProt: P00214
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CHEMICAL SEQUENCE WAS DETERMINED IN COLLABORATION WITH J. B. HOWARD AND T. LORSBACH OF DEPT. OF ...THE CHEMICAL SEQUENCE WAS DETERMINED IN COLLABORATION WITH J. B. HOWARD AND T. LORSBACH OF DEPT. OF BIOCHEMISTRY, UNIVERSITY OF MINNESOTA, ST. PAUL, MINNESOTA. SUBSEQUENT WORK ON THIS STRUCTURE YIELDED SEQUENCE CHANGES 1. GLY 62 CHANGED TO GLU 62 2. ASP 76 CHANGED TO GLU 76 3. VAL 107 DELETED (REPLACED BY WATER MOLECULES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 2 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Biol.Chem. 254.3598-3599 1979
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-10 mg/mlprotein1drop
20.5 Mpotassium phosphate1drop
31.2 Mammonium sulfate1drop
43.5 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. all: 7760 / Num. obs: 7658 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 38286 / Rmerge(I) obs: 0.089

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.231 -
obs0.231 7196
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数841 0 15 23 879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.42
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 7196 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr1.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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