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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f9l | |||||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of a 22-Nucleotide Hairpin Similar to the P5ABC Region of a Group I Ribozyme with Cobalt(III)hexammine Complexed to the GAAA Tetraloop | |||||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / GA mismatches / GAAA tetraloop / metal-ion binding / Cobalt(III)hexammine / hairpin / P5abc / group I intron | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / restrained molecular dynamics, | Model type details | minimized average | データ登録者 | Rudisser, S. / Tinoco Jr., I. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 | タイトル: Solution structure of Cobalt(III)hexammine complexed to the GAAA tetraloop, and metal-ion binding to G.A mismatches. 著者: Rudisser, S. / Tinoco Jr., I. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f9l.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f9l.ent.gz | 14.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/1f9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/1f9l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7175.371 Da / 分子数: 1 / 断片: P5ABC DOMAIN / 由来タイプ: 合成 詳細: The RNA was enzymatically synthesized from a synthetic RNA template using T7 RNA polymerase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: The structure of the complex was determined using 7 NOE constraints between Cobalt(III)Hexammine and the GAAA tetraloop. In addition, the same constraints as for the 22-nucleotide hairpin ...Text: The structure of the complex was determined using 7 NOE constraints between Cobalt(III)Hexammine and the GAAA tetraloop. In addition, the same constraints as for the 22-nucleotide hairpin without Cobalt(III)hexammine were used. For RNA without Cobalt(III)Hexammine see entry 1EOR. |
-試料調製
詳細 | 内容: 2.8 mM RNA, 10 mM sodium Phosphate, 200 mM NaCl, 0.1 mM EDTA pH 5.6, 3.4 mM Cobalt(III)Hexammine 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM NaCl / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 283 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: restrained molecular dynamics, / ソフトェア番号: 1 詳細: 356 NOE constraints, 16 sugar pucker constraints, 93 torsion angle constraints, 7 constraints between Cobalt(III)Hexammine and the GAAA tetraloop | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |