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万見
- PDB-1f3o: Crystal structure of MJ0796 ATP-binding cassette -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f3o
タイトルCrystal structure of MJ0796 ATP-binding cassette
要素HYPOTHETICAL ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN MJ0796
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / Transporter (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein MJ0796
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yuan, Y.-R. / Hunt, J.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of the MJ0796 ATP-binding cassette. Implications for the structural consequences of ATP hydrolysis in the active site of an ABC transporter.
著者: Yuan, Y.R. / Blecker, S. / Martsinkevich, O. / Millen, L. / Thomas, P.J. / Hunt, J.F.
履歴
登録2000年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN MJ0796
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3833
ポリマ－26,9321
非ポリマー4522
水1,15364
1
A: HYPOTHETICAL ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN MJ0796
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN MJ0796
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7676
ポリマ－53,8642
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.210, 65.200, 126.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN MJ0796


分子量: 26931.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: PET28A / 遺伝子 (発現宿主): GENOMIC DNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58206
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 4000, Ammonium Acetate, Glycerol, ADP, Magnesium Chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris1drop
210 mMMgADP1drop
32 mg/mlprotein1drop
412 %PEG40001reservoir
530 %(v/v)glycerol1reservoir
6200 mM1reservoirMgCl2
7100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.932
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 25396 / Num. obs: 24520 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.42 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / 冗長度: 3.9 % / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.7→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: X-Plor 3.851
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 663 11.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-5971 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.97 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 28 64 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.67
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it6.531.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it9.652
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it9.672
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it12.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.057 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 64 10.7 %
Rwork0.368 535 -
obs--74.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 1 / % reflection Rfree: 11.1 % / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.67
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it6.531.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it9.672
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it9.652
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it12.752.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.456 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor Rwork: 0.368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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