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- PDB-1ewq: CRYSTAL STRUCTURE TAQ MUTS COMPLEXED WITH A HETERODUPLEX DNA AT 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ewq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE TAQ MUTS COMPLEXED WITH A HETERODUPLEX DNA AT 2.2 A RESOLUTION
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*G)-3')
  • DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTSDNAミスマッチ修復
キーワードreplication/DNA / Multiple domains of protein / mostly mixed alpha-beta structures / one domain is entirely helical / double stranded helix / replication-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNAミスマッチ修復 / damaged DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein MutS
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Obmolova, G. / Ban, C. / Hsieh, P. / Yang, W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of mismatch repair protein MutS and its complex with a substrate DNA.
著者: Obmolova, G. / Ban, C. / Hsieh, P. / Yang, W.
履歴
登録2000年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*G)-3')
A: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
B: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,44515
ポリマ－186,6264
非ポリマー81911
水14,664814
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.167, 114.216, 160.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*C)-3')


分子量: 7074.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量: 6779.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS / DNAミスマッチ修復 / TAQ MUTS SUBUNIT A


分子量: 86386.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56215

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非ポリマー , 3種, 825分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 4000, cacodylate, MgCl2, (NH4)2SO4, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylateカコジル酸11
2MgCl211
3(NH4)2SO411
4PEG 400011
5PEG 400012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5-15 mg/mlprotein1drop
2100 mMcacodylate1reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir
518 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 93885 / Num. obs: 91291 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Num. unique all: 4304 / % possible all: 90.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→26.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 447159.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 4665 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.227 93885 --
obs0.227 92703 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.54 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2--3.98 Å20 Å2
3----3.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11947 919 48 814 13728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数
Rwork0.259 0
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PADNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARA&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5EDO.PARAMEDO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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