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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1et1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PARATHYROID HORMONE 1-34 AT 0.9 A RESOLUTION | ||||||
要素 | PARATHYROID HORMONEパラトルモン | ||||||
キーワード | HORMONE/GROWTH FACTOR / HELICAL DIMER / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type 1 parathyroid hormone receptor binding / parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / response to parathyroid hormone / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction ...type 1 parathyroid hormone receptor binding / parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / response to parathyroid hormone / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction / macromolecule biosynthetic process / response to fibroblast growth factor / phosphate ion homeostasis / cAMP metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / Rho protein signal transduction / : / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of bone mineralization / response to cadmium ion / homeostasis of number of cells within a tissue / bone resorption / skeletal system development / positive regulation of glucose import / response to lead ion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell signaling / G alpha (s) signalling events / 遺伝子発現の調節 / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / receptor ligand activity / response to xenobiotic stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jin, L. / Briggs, S.L. / Chandrasekhar, S. / Chirgadze, N.Y. / Clawson, D.K. / Schevitz, R.W. / Smiley, D.L. / Tashjian, A.H. / Zhang, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of human parathyroid hormone 1-34 at 0.9-A resolution. 著者: Jin, L. / Briggs, S.L. / Chandrasekhar, S. / Chirgadze, N.Y. / Clawson, D.K. / Schevitz, R.W. / Smiley, D.L. / Tashjian, A.H. / Zhang, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1et1.cif.gz | 47.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1et1.ent.gz | 35 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1et1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/1et1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/1et1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological functional unit is a monomer of hPTH (1-34). |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4125.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01270 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.08 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 5% isopropanol and 0.1 M sodium acetate buffer, pH 4.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.9→13.5 Å / Num. all: 37771 / Num. obs: 37771 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 4.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 0.9→0.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.163 / Num. unique all: 3148 / % possible all: 75.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 111749 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 0.9→13.5 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Used conjugate-gradient algorithm with riding hydrogens with anisotropic B factor refinement.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.9→13.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.14 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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