PDB-1esw: X-RAY STRUCTURE OF ACARBOSE BOUND TO AMYLOMALTASE FROM THERMUS AQ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1esw

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF ACARBOSE BOUND TO AMYLOMALTASE FROM THERMUS AQUATICUS. IMPLICATIONS FOR THE SYNTHESIS OF LARGE CYCLIC GLUCANS

要素

AMYLOMALTASE

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / (beta / alpha)8-Barrel / glucanotransferase /

alpha-amylase family /

acarbose (アカルボース)

機能・相同性

機能・相同性情報

4-α-グルカノトランスフェラーゼ /

4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / carbohydrate metabolic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Przylas, I. / Terada, Y. / Fujii, K. / Takaha, T. / Saenger, W. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: X-ray structure of acarbose bound to amylomaltase from Thermus aquaticus. Implications for the synthesis of large cyclic glucans.
著者: Przylas, I. / Terada, Y. / Fujii, K. / Takaha, T. / Saenger, W. / Strater, N.

履歴

登録	2000年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1esw.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1esw.ent.gz	98.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1esw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cwy
類似構造データ	1cwy-d 1fp8-d 1fp9-d 2x1i-d 2rkm-d 2owx-d 3p0b-d 1b05-d 6i7w-d 3wwg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AMYLOMALTASE

ヘテロ分子

58.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.000, 154.000, 64.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質

AMYLOMALTASE

分子量: 57293.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
プラスミド: PFQG8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O87172,

4-α-グルカノトランスフェラーゼ

#2: 多糖

4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ... / alpha-acarbose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.91 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Bicine, PEG 8000, Ethylene glycol, NaCl , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 7.6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	5 mM	Tris-HCl	1	drop
3	1 mM	dithiothreitol	1	drop
4	100 mM		1	drop	NaCl
5	17 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
6	100 mM	HEPES	1	reservoir
7	100 mM		1	reservoir	NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→44.46 Å / Num. all: 69693 / Num. obs: 67130 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.58 % / B_iso Wilson estimate: 24.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 4.03 % / R_merge(I) obs: 0.262 / % possible all: 74.2
反射	PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs*: 66004
反射シェル	PLUS % possible obs*: 74.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

解像度: 1.9→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	2025	-	random
R_work	0.192	-	-	-
all	-	69693	-	-
obs	-	66004	94.7 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→500 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4064	0	96	603	4763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	22.4
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	1.04

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関連情報:EMDBヘッダ

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